就在嗣兴被迫选择降清的同时，定国旧部张琦、张义泰、尹士镳、张发祥等亦暗中串联，围攻昆明，旋即遭吴三桂率军镇压。
不久后，熠峨王扬祖、王朔、新兴王耀祖及迤东诸土司禄昌贤、龙飞扬等又聚众十一万，打着大明晋王的旗号起兵反清，义军接连攻克临安、蒙自、弥勒、石屏、平彝等十余处州县，声势大振。奈何在清军的大举反扑下，最终很快败亡。
至于那些不愿随嗣兴降清的明军旧部，大多选择回乡务农，或是改名换姓，归隐山野湖畔。诸如副总兵王应举，不愿在清廷为官，遂返回合肥老家，逍遥于山水之间，渡此余生。而跛腿总兵邓凯也拒绝了吴三桂欲将其编入满洲镶黄旗下的提议，削发为僧，与青灯古佛为伴，日日诵读经文，为永历帝及那些客死他乡的文武诸臣超度亡灵。
另有数千滞留于缅甸境内的明军将士不愿降清，于是在阿瓦河东百余里聚集而居，与当地百姓一起垦荒开矿，渐渐形成了一个部落，人称“桂家”。他们将居住之地唤作“望乡台”，岁时凭眺，瞻望中国。
而在定国去世的勐腊，当地各族百姓更是将定国奉若神明，过其墓者皆顶礼膜拜，并于勐腊后山修建一座“汉王庙”，逢岁致祭，礼极隆重。
这时候，尽管台湾的郑经和夔东一带的十三家义师依旧尊奉永历年号，坚持抗清，然而其影响力已经微乎其微了。
卧榻之侧岂容他人酣睡，在彻底平定云南一带的抗清起义后，清廷很快便调集大军对夔东十三家展开了大规模的围剿，经过数月苦战，至永历十六年十二月，刘体纯兵败自缢，郝永忠、袁宗弟亦被俘杀，夔东十三家元气大伤，仅剩定国的义兄李来亨仍在兴县苦苦支撑。
两年后，清廷再度征调十万满汉大军将李来亨团团包围于兴县境内的茅麓山上。
在苦撑大半年后，八月初五日，山寨终于被清军攻破。眼见大势已去，李来亨遂放火烧毁屋舍，旋即举家投火自焚而死。
同年九月初七日，大明王朝最后一名孤臣张煌言于杭州弼教坊被清廷公开杀害。临刑前，张煌言大义凛然，面无惧色，抬头遥望着不远处的吴山，慨然叹息道：“大好江山，可惜沦于腥膻！”
他拒绝下跪，坐而受戮，时年四十五岁。是日，骤雨昼晦，杭人知不知，皆恸哭。
至此，明亡，天下亡。